经济责任审计对象按单位性质基本可分为行政事业单位领导人的经济责任审计；县市区长的经济责任审计和企业领导人的经济责任审计。由于不同类型的被审计对象呈现出各自不同的特点，在审计实务中，就要针对各自的特点选择与之相适用的审计方法。
一、基本分析法
这类审计方法，主要运用于行政事业单位领导人的经济责任审计。行政事业单位的特点是：承担着国家宏观经济管理和行政执法的职责，或者担负一定社会公益的职能。经费全部或绝大部分由财政供给，有一部分规费收入和罚没收入，按现行财政管理体制各单位的规费收入和罚没收入实行财政“收支两条线”管理办法。
基本分析法，就是要针对行政事业单位的以上特点，首先了解单位的人员编制情况，结合人员编制情况，分析经费中人员经费是否合理。其次是了解单位的行政职能和管辖范围，对比分析公务费开支的合理性。第三是了解维持行政职能的资产总量是多少，财政核定的年度经费预算额度和有无专项资金收入，分析研究领导任期内主要财务收支活动的合理合法性。
在以上基本分析的基础上，对变动比较大和显著不合理的地方，再采用常规审计手段进行深入核实，调查取证。对一些宏观经济管理部门和有一定收入的事业单位，需要分析的内容要复杂一点，但是按照基本分析法的逻辑思路，仍然可以达到提高效益的目的。
二、指标修正法
县、市区长做为一级行政区域的行政首长，全面负责一个地区的经济工作，其担负的经济责任有其自身的特点：
一是经济责任评价指标内容广泛，往往涉及到一个或几个指标体系，有些指标是建立在有完备会计资料基础上的财政财务收支指标。
二是经济责任评价指标的综合性强，如国内生产总值、人均GDP指标、经济增长率、财政收支规模等，单纯地通过对其行政区域内的财政收支活动来评价领导者的经济责任，既不全面也不准确。只有对业已形成的完备的指标体系进行必要的审核修正，才能用这些量化的经济指标来评价和界定被审计对象的责任，这样的评价才具有全面性、客观性，才可以防范以偏概全、以点带面造成的审计风险。
采用指标修正法，就是在运用综合经济指标对县、市区长经济责任进行评价时，不能照搬照抄业已形成的各项指标形成审计评价结论，而是对需要运用的指标分类进行处理，对有健全会计资料的财政、财务收支，专项投资等重要经济指标，应当坚持运用审计手段进行查证核实，对建立在统计基础上的社会经济发展指标，要运用抽样调查、因素分析等方法，对重要经济指标的可信度进行验证，对明显有粗估冒算、泡沫水分的虚假经济指标，要坚决予以修正，以防止由于运用了虚假的经济指标而对被审计对象得出错误的评价结论。
三、结果利用法
在经济责任审计中，存在着被审计单位的领导干部任职期间长、责任范围广的问题。要在有限的审计时间内，全面、完整、真实地评价和界定被审计单位责任人的经济责任，就需要充分地利用已有的审计结果和其它与经济责任相联系的结论。
一是在县市区长经济责任审计中，要分析利用各类专业审计的审计结果，因为专业审计往往在某一方面着力较多，查处较细，对违纪违规问题反映比较全面。如对虚增财政收支规模、挤占预算专项资金、自立收费项目等问题，主要分析运用原财政预算决算审计、专项资金审计和投资项目审计的结论。
二是对任期较长的领导干部经济责任审计中，审计人员要对被审计对象任职期间已进行过的各类审计结果（包括上级审计机关的专门审计和本级审计机关的阶段性审计）和纪检监察部门的结论，以及法院对该单位涉及经济问题的判决都要进行收集整理，对与经济责任审计评价有联系的结论都要进行认真的分析研究，对内容翔实、结论可靠的就要加以利用，对违纪问题表述含糊，运用法规不适当，结论可靠性有疑问的要进行必要的审计复核和审计调查，在充分甄别的基础上，决定取舍。
三是对企业领导人的经济责任审计中，要充分利用社会审计组织的审计结果。
四、线索筛选法
由于经济责任审计是人格化的审计，审计的范围超出了单位财政、财务收支的范畴，审计的对象直接针对的是被审计单位的主要领导干部所承担责任的经济活动，在审计实施前，要向纪检等部门发徇证函，在进点后要进行审前公告，要求被审计单位对提供的会计资料的完整性、真实性实行审计承诺，这些方法的运用拓展了审计发现问题的途径。但是对多种途径汇集来的各种问题线索要进行筛选，把那些确实与被审计对象经济责任有关系的问题进行整理，在审计中加以关注或者进行必要的调查核实，以增强经济责任审计中对领导干部廉政问题的评价内容。
但对以下问题的线索要进行必要的处理：
一是不属于领导干部经济责任范畴内的问题，如人事安排问题、滥用行政职权问题，要移送有法定职权的部门进行处理。
二是与本单位或领导人员负主管责任的下属单位的财政、财务收支没有关系的问题，审计不予涉及。
三是与责任人个人廉政行为没有经济关系的问题，一般不予涉及。对涉及责任人负有主管责任的所属单位的干部个人经济问题，如果是在审计范围之内的，必须进行查处，是审计范围之外的要将有关材料移送有管辖权的部门进行处理，发现有明显犯罪事实的可移送司法部门进行处理。四是对与被审计单位和责任人有牵连的重要经济问题在审计过程中，要予以重点落实。
附：经济责任审计操作指南
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